การฆ่าเชื้อของ ก๊อกน้ำตู้น้ำ ขึ้นอยู่กับปัจจัยหลายประการ ได้แก่ ความถี่ในการใช้งาน การชำระล้างและรักษาชื่อเสียง แหล่งน้ำที่ดี และอื่นๆ อีกมากมาย โดยทั่วไปแล้ว หากมีการใช้ตู้กดน้ำบ่อยครั้งหรือแหล่งน้ำที่มีความพิเศษไม่น่าเชื่อถือมากนัก ขอแนะนำอย่างยิ่งให้ฆ่าเชื้อก๊อกน้ำตู้กดน้ำบ่อยๆ เทคนิคการฆ่าเชื้ออาจเป็นการทาแอลกอฮอล์เช็ดพื้นผิวก๊อกน้ำ หรือใช้ตัวแทนจำหน่ายก๊อกน้ำเฉพาะเพื่อทำความสะอาดและฆ่าเชื้อ
นอกจากนี้ต้องระบุด้วยว่าควรพิจารณาการฆ่าเชื้อก๊อกน้ำตู้กดน้ำตามสถานการณ์เฉพาะเป็นหลัก หากไม่มีคราบหรือจุลินทรีย์ที่ชัดเจนบนพื้นผิวก๊อกน้ำ การฆ่าเชื้อโรคบ่อยๆ ก็ไม่สำคัญ ในเวลาเดียวกัน จะต้องให้ความสนใจในการป้องกันในบางขั้นตอนของวิธีการฆ่าเชื้อ เพื่อไม่ให้เกิดอันตรายต่อรูขุมขน ผิวหนัง และดวงตาอันเนื่องมาจากสารฆ่าเชื้อ
กล่าวโดยสรุป จะต้องพิจารณาการฆ่าเชื้อของก๊อกน้ำตู้กดน้ำให้สอดคล้องกับสถานการณ์ที่แม่นยำ หากแหล่งจ่ายน้ำไม่ดีไม่น่าเชื่อถือหรือใช้บ่อย ก็แนะนำให้ฆ่าเชื้อบ่อยๆ ในเวลาเดียวกัน สิ่งสำคัญคือต้องคำนึงถึงการป้องกันและหลีกเลี่ยงสารฆ่าเชื้อที่ก่อให้เกิดความเสียหายต่อผิวหนังและดวงตา
