ท่อซิลิโคนเกรดอาหาร โดยทั่วไปไม่แนะนำให้สัมผัสโดยตรงกับสารฆ่าเชื้อ แม้ว่าท่อซิลิโคนสามารถทนต่อสารเคมีบางชนิดได้ในบางกรณี แต่สารฆ่าเชื้อมักประกอบด้วยสารออกซิไดซ์ที่แรง คลอไรด์ แอลกอฮอล์ หรือส่วนประกอบทางเคมีที่มีฤทธิ์กัดกร่อนและเกิดปฏิกิริยาอื่นๆ ที่อาจทำปฏิกิริยากับซิลิโคนเจล ทำให้เกิดการกัดกร่อนพื้นผิว การแข็งตัว การเปลี่ยนสี หรือประสิทธิภาพของท่อซิลิโคนเสื่อมลง
ตัวอย่างเช่น แม้ว่าปฏิกิริยาระหว่างโซเดียมไฮดรอกไซด์กับซิลิโคนเจลจะค่อนข้างอ่อนที่อุณหภูมิห้อง แต่ก็อาจเกิดปฏิกิริยารุนแรงที่อุณหภูมิสูง ซึ่งส่งผลต่อประสิทธิภาพของท่อซิลิโคน ในทำนองเดียวกัน สารฆ่าเชื้อที่มีคลอรีน เช่น โซเดียมไฮโปคลอไรต์ มีคุณสมบัติในการออกซิไดซ์อย่างแรง และอาจทำลายโครงสร้างทางเคมีของซิลิกาเจล แม้ว่าแอลกอฮอล์ฆ่าเชื้อจะระคายเคืองน้อยกว่า แต่การสัมผัสเป็นเวลานานก็อาจส่งผลเสียต่อซิลิโคนเจล
